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一种使用短读长序列纠错长读长组装结果的方法和装置

2023-06-14 12:08:24 发布于四川 0
  • 申请专利号:CN202110452532.9
  • 公开(公告)日:2025-06-17
  • 公开(公告)号:CN113012758A
  • 申请人:武汉华大基因技术服务有限公司
摘要:本申请公开了一种使用短读长序列纠错长读长组装结果的方法和装置。本申请的方法包括,切割步骤,以固定阈值对长读长组装结果进行切分,获得切分后的长读长组装结果;以及后续的基于切分后的长读长组装结果进行的长读长组装结果建库步骤、比对步骤、比对结果匹配步骤、比对结果转换和排序步骤、比对结果建库步骤、长读长组装结果纠错步骤,最终合并纠错结果,获得纠错后的长读长组装结果。本申请的方法,可使用小内存节点进行纠错,大幅降低了内存峰值,解决没有大内存节点无法进行纠错的问题,降低了长度长组装结果的纠错成本;并且,在资源充足情况下,本申请的纠错方法和装置还可以并行执行,降低执行时间,提供纠错效率。

专利内容

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 113012758 A (43)申请公布日 2021.06.22 (21)申请号 202110452532.9 (22)申请日 2021.04.26 (71)申请人 武汉华大基因技术服务有限公司 地址 430075 湖北省武汉市武汉东湖新技 术开发区高新大道666号武汉国家生 物产业基地项目B、C、D区研发楼B2栋 (72)发明人 邓天全 杨林峰  (74)专利代理机构 深圳鼎合诚知识产权代理有 限公司 44281 代理人 李小焦 彭家恩 (51)Int.Cl. G16B 30/00 (2019.01) G16B 50/00 (2019.01) 权利要求书2页 说明书11页 附图3页 (54)发明名称 一种使用短读长序列纠错长读长组装结果 的方法和装置 (57)摘要 本申请公开了一种使用短读长序列纠错长 读长组装结果的方法和装置。本申请的方法包 括,切割步骤,以固定阈值对长读长组装结果进 行切分,获得切分后的长读长组装结果;以及后 续的基于切分后的长读长组装结果进行的长读 长组装结果建库步骤、比对步骤、比对结果匹配 步骤、比对结果转换和排序步骤、比对结果建库 步骤、长读长组装结果纠错步骤,最终合并纠错 结果,获得纠错后的长读长组装结果。本申请的 方法,可使用小内存节点进行纠错,大幅降低了 内存峰值,解决没有大内存节点无法进行纠错的 A 问题,降低了长度长组装结果的纠错成本;并且,

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