一种基于多线程计算的生物序列比对方法及系统2024

专利内容

(19)国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 117373538 A (43)申请公布日 2024.01.09 (21)申请号 202311676549.8 (22)申请日 2023.12.08 (71)申请人 山东大学 地址 250000 山东省济南市历城区山大南 路27号 (72)发明人 殷泽坤　陈冉　闫立峰　刘卫国　 (74)专利代理机构 济南圣达知识产权代理有限 公司 37221 专利代理师 李琳 (51)Int.Cl. G16B 30/10 (2019.01) G16B 50/00 (2019.01) 权利要求书2页 说明书6页 附图3页 (54)发明名称 一种基于多线程计算的生物序列比对方法 及系统 (57)摘要 本发明属于生物序列比对技术领域，提供了 一种基于多线程计算的生物序列比对方法及系 统，其技术方案为：基于原有OrderMinHash算法， 通过优化编译参数、调用RabbitFx库快速解析 FASTA文件、交换算法循环顺序优化访存、转换数 据类型使用按位函数、优先队列等优化计算、使 用AVX512指令集充分利用SIMD向量处理单元提 升计算效率等优化单线程模型，并设计多线程计 算模型，允许控制线程数，且通过负载均衡等方 式保证加速比与线程数基本成正比，完成算法在 通用多核计算平台上的优化。解决了传统方法序 A 列对比效率低的问题。 8 3 5 3 7 3 7 1 1 N C CN 117373538 A