一种基于变分贝叶斯的基因调控网络结构辨识方法

专利内容

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 114360641 A (43)申请公布日 2022.04.15 (21)申请号 202210035654.2 (22)申请日 2022.01.13 (71)申请人 重庆大学 地址 400044 重庆市沙坪坝区沙坪坝正街 174号 (72)发明人 刘切　王浩　李俊豪　柴毅　 (74)专利代理机构 重庆市嘉允启行专利代理事 务所(普通合伙) 50243 代理人 胡柯 (51)Int.Cl. G16B 20/30 (2019.01) G06N 7/00 (2006.01) G06K 9/62 (2022.01) 权利要求书5页 说明书13页 附图3页 (54)发明名称 一种基于变分贝叶斯的基因调控网络结构 辨识方法 (57)摘要 本发明提供一种基于变分贝叶斯的基因调 控网络结构辨识方法，根据不完整和有噪声的基 因表达时间序列数据中考虑基因调控网络GRN的 结构推断，用含有未知噪声信息的随机非线性状 态空间模型，描述了基因表达数据中的动态行 为，采用变分贝叶斯VB框架来同时估计参数和基 因表达水平，通过生成预测值，可以很容易地处 理缺失的观测值；考虑到GRN的稀疏性，利用极端 梯度增强树对平滑后的基因数据进行建模，并通 过树模型中的重要性得分来识别基因间的调控 相互作用。该方法能在观测值缺失的情况下，有 A 效地恢复GRN的调控相互作用，并优于现有的GRN 1 识别方法。 4 6 0