一种基于存内计算的碱基识别算子加速方法、系统及装置2024

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(19)国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 118072817 A (43)申请公布日 2024.05.24 (21)申请号 202410180723.8 (22)申请日 2024.02.18 (71)申请人 中科计算技术西部研究院 地址 401120 重庆市渝北区黄山大道中段 53号 (72)发明人 谭光明　李叶文　 (74)专利代理机构 成都九鼎天元知识产权代理 有限公司 51214 专利代理师 封浪 (51)Int.Cl. G16B 20/00 (2019.01) G06N 3/063 (2023.01) 权利要求书2页 说明书6页 附图3页 (54)发明名称 一种基于存内计算的碱基识别算子加速方 法、系统及装置 (57)摘要 本发明公开了一种基于存内计算的碱基识 别算子加速方法、系统及装置，涉及生物基因数 据处理领域，用以高并行、高吞吐量、轻量级的加 速碱基识别。本发明解码阶段中，使用基于模糊 匹配机制的集束搜索方法对所述概率分布矩阵 进行检索，其利用多层掩码机制在缓存内逐级搜 索目标字符串。并使用基于缓存内计算的原位字 符转换架构将检索到的目标字符串转换为连续 的碱基序列，其使用基于德摩根定律的转换方程 在缓存内进行转码。此外对编码阶段的乘加计 算，采用无对齐缓存内乘加架构进行计算。本发 A 明将集束搜索计算卸载到缓存上，提升了碱基识 7 别计算效率和吞吐量，消除了字符串转换中的数 1 8 2 据传输开销。 7 0 8 1 1