基于孪生神经网络的半监督宏基因组分箱方法

专利内容

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 114400043 A (43)申请公布日 2022.04.26 (21)申请号 202210066573.9 (22)申请日 2022.01.20 (71)申请人 复旦大学 地址 200433 上海市杨浦区邯郸路220号 (72)发明人 赵兴明　潘少军　 (74)专利代理机构 合肥正则元起专利代理事务 所(普通合伙) 34160 代理人 李浩宇 (51)Int.Cl. G16B 20/00 (2019.01) G16B 40/00 (2019.01) G06N 3/04 (2006.01) G06N 3/08 (2006.01) 权利要求书2页 说明书6页 附图2页 (54)发明名称 基于孪生神经网络的半监督宏基因组分箱 方法 (57)摘要 本发明公开了基于孪生神经网络的半监督 宏基因组分箱方法，属于宏因组学技术领域，该 方法通过contig得到must‑link约束cannot‑ link约束；然后对每个contig的k‑mer频率特征 以及丰度特征进行提取；通过孪生神经网络模型 从输入的must‑link约束和cannot‑link约束中 进行学习；计算contig间的相似性，构造出一个 稀疏网络，使用社团检测算法聚类，从稀疏网络 中得到分箱的结果；该方法提高了分箱结果，并 且提出了在不同样本数量的情况下，不同contig 相似性的计算方式。 A 3 4 0 0 0 4 4