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发明

一种基于多壳层和扩展连接性指纹的药靶亲和力预测方法

2023-06-04 11:15:57 发布于四川 1
  • 申请专利号：CN202310223854.5
  • 公开（公告）日：2025-07-18
  • 公开（公告）号：CN116206678A
  • 申请人：湖南大学
摘要：本发明公开了一种基于多壳层和扩展连接性指纹的药靶亲和力预测方法，使用PDBbind数据库中的蛋白质‑配体复合物作为数据集；对大分子蛋白质和小分子配体的结合口袋建模，从配体的几何中心向外构建N个壳层，根据蛋白质原子的空间坐标把蛋白质原子对应到各个壳层；通过原子符号、显式价、等特征把配体原子分为多种类别；把所有特异性原子对作为该壳层的特征，叠加多个壳层的特征得到复合物的特征向量；通过对复合物特征的3D切片，使用Transformer学习壳层原子对特征。本发明解决现有方法无法表征长程相互作用的问题；通过对复合物特征的3D切片，使得Transformer能够很好的学习到壳层原子对特征，进而改变了表征的性能。

专利内容

(19)国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 116206678 A (43)申请公布日 2023.06.02 (21)申请号 202310223854.5 (22)申请日 2023.03.09 (71)申请人 湖南大学 地址 410012 湖南省长沙市岳麓区麓山南 路1号 (72)发明人 彭绍亮　潘亮　王小奇　 (74)专利代理机构 国防科技大学专利服务中心 43202 专利代理师 刘芳 (51)Int.Cl. G16B 15/30 (2019.01) G16B 15/20 (2019.01) G16B 40/00 (2019.01) G06N 3/0464 (2023.01) G06N 3/08 (2023.01) 权利要求书2页 说明书5页 附图1页 (54)发明名称 一种基于多壳层和扩展连接性指纹的药靶 亲和力预测方法 (57)摘要 本发明公开了一种基于多壳层和扩展连接 性指纹的药靶亲和力预测方法，使用PDBbind数 据库中的蛋白质‑配体复合物作为数据集 ；对大 分子蛋白质和小分子配体的结合口袋建模，从配 体的几何中心向外构建N个壳层，根据蛋白质原 子的空间坐标把蛋白质原子对应到各个壳层；通 过原子符号、显式价、等特征把配体原子分为多 种类别；把所有特异性原子对作为该壳层的特 征，叠加多个壳层的特征得到复合物的特征向 量 ；通 过 对 复 合 物 特 征的 3 D 切 片 ，使 用 Tr

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