病毒基因组鉴定和拼接的方法及应用

专利内容

(19)国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 116072222 A (43)申请公布日 2023.05.05 (21)申请号 202310123384.5 (22)申请日 2023.02.16 (71)申请人 湖南大学 地址 410000 湖南省长沙市岳麓区麓山南 路麓山门 (72)发明人 彭友松　傅萍　 (74)专利代理机构 长沙轩荣专利代理有限公司 43235 专利代理师 丛诗洋 (51)Int.Cl. G16B 30/10 (2019.01) G16B 50/30 (2019.01) 权利要求书1页 说明书7页 附图5页 (54)发明名称 病毒基因组鉴定和拼接的方法及应用 (57)摘要 本发明提供了一种病毒基因组鉴定和拼接 的方法及应用。该方法包括：对于原始数据进行 前处理。将高质量reads拼接为初始重叠群。以初 始重叠群作为查询序列，对待鉴定病毒的蛋白序 列做同源性搜索，得到潜在病毒重叠群。以潜在 病毒重叠群作为查询序列在NCBI NR库中进行同 源性搜索，保留潜在病毒重叠群中的最佳比对属 于病毒的查询重叠群，作为目标病毒重叠群，并 得到与目标病毒重叠群对应的最佳比对的病毒 物种。从参考病毒基因组序列库中选择最佳比对 的病毒物种所对应的参考基因组，对高质量 reads进行拼接，得到待鉴定病毒的病毒基因组 A 序列。上述方法可以实现从原始测序数据出发一 2 条龙地输出样本中包含的病毒及其基因组序列 2 2 2 和丰度。 7 0 6